会员代表大会是广西应急管理协会的最高权力机构。理事会是会员代表大会的执行机构，常务理事会行使理事会闭会期间的职责。

理事、常务理事、副会长、会长以及秘书长经会员代表大会选举产生。理事会主要由企事业单位、应急管理工作者的会员代表组成。理事会每届任期5年。

协会下设：民办非企业科研单位“广西安全生产科学研究院”、集体所有制企业“广西安协科学技术服务中心”和“《安全生产与监督》杂志社”。

内设机构：秘书处。秘书处下设：综合办公室、资产财务部、会员服务部、安全标准化建设办公室、安全文化建设办公室、应急预案及演练中心、安全培训中心、专家和技术服务办公室。

分支机构：广西应急管理协会应急救援专业委员会、广西应急管理协会青少年安全应急教育专业委员会

有专职管理人125人，设立应急管理专家库，拥有高级专家225人。